בחודש מאי 2007 נפתח במצדה מוזיאון חדש המכיל את הממצאים הארכאולוגיים אשר נחפרו באתר על ידי האוניברסיטה העברית בירושלים בראשותו של פרופ' יגאל ידין ז"ל.
התצוגה במוזיאון זה תוכננה בדרך מיוחדת וחדשנית, בסיוע:
גילה הורביץ – אוצרת המוזיאון, המכון לארכאולוגיה, האוניברסיטה העברית בירושלים
אליאב נחליאלי – מעצב ומפיק, פרוגרמה 1, תל-אביב
המשלבת את הצגת הממצאים מן החפירות עם רקע עיצובי תיאטרלי והסבר המושמע באוזניות.
לשם הצגת סיפורה של מצדה בהקשרו ההיסטורי, על רקע התהליכים המדיניים והצבאיים שעיצבו את פני התקופה, מסודרים ממצאי התצוגה סביב שלושה מוקדים עיקריים: הורדוס, המורדים והצבא הרומי.
שטח המוזיאון, המחולק לתשעה חללים שונים בהתאם לתוכנם הארכאולוגי וההיסטורי, מכיל תפאורה תלת-ממדית: דמויות מפוסלות, פרטים ארכיטקטוניים, רצפה וקירות – כולם עשויים בהתאמה מרבית לממצאי הריאליה של התקופה, אך בצבעים כהים של אפור כהה עד שחור. בגלל התאורה המינימלית התפאורה בעלת "נוכחות נעדרת", הנעלמת אל תוך החשכה, תוך הדגשה של זוויות דרמתיות, ואילו הממצאים הארכאולוגיים מוארים ומלווים דברי הסבר כתובים.
הקשר ההדוק בין הממצאים הארכאולוגיים לבין התפאורה המלווה אותם בא לידי ביטוי בכל אחד מן החללים. כך, למשל, מוצגים שולחן אבן וכלי אוכל מפוארים – בצירוף כתובות על גבי אמפורות המפרטות את סוגי היין והמאכלים המיוחדים – על רקע של סצינת משתה בימיו של הורדוס.
בחלל אחר, המתאר את מגורי המורדים בחדרי החומה, מובאים כלי בישול פשוטים, שרידי בגדים, סלי קש, מברשות וכתובות עבריות העוסקות בחיי יום-יום.